Όταν το Υπουργείο Γεωργίας των ΗΠΑ ανακοίνωσε αργά την Κυριακή ότι δημοσίευσε νέα δεδομένα από την έρευνά του για ξέσπασμα γρίπης των πτηνών σε βοοειδή, οι επιστήμονες έψαξαν με ανυπομονησία μια γνωστή πλατφόρμα που χρησιμοποιείται σε όλο τον κόσμο για να μοιράζονται τις γενετικές αλληλουχίες ιών.
Οι σεκάνς δεν ήταν εκεί. Από το πρωί της Τρίτης, αυτό δεν ισχύει ακόμα.
Ερευνητές που θέλουν να παρακολουθήσουν την ανάπτυξη και την εξάπλωση του H5N1 λένε ότι οι πληροφορίες που κυκλοφόρησαν – ακατέργαστα δεδομένα σε διακομιστή των ΗΠΑ – δεν είναι πολύ χρήσιμες και δεν είναι καθόλου διαφανείς. Λένε επίσης ότι η δημοσιοποίηση πληροφοριών από την κυβέρνηση σχετικά με την επιδημία, η οποία επιβεβαιώθηκε στα βοοειδή πριν από σχεδόν ένα μήνα, ήταν εξαιρετικά αργή.
Μετά την ανακοίνωση του USDA την Κυριακή, ο Δρ. Ρικ ΜπράιτΈνας ανοσολόγος και ερευνητής εμβολίων που ηγήθηκε της Αρχής Βιοϊατρικής Προηγμένης Έρευνας και Ανάπτυξης από το 2016 έως το 2020 είπε ότι κάλεσε αμέσως τις επαφές του στη βάση δεδομένων που ονομάζεται Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) για να βεβαιωθεί ότι δεν υπήρχε αυτή η περίπτωση. κάτι.
«Είπα: «Πες μου μόνο: Έχεις δεδομένα;» και είπαν «Όχι»», είπε ο Μπράιτ.
Μετά τον Dr. Αφού ο Lucas Freitas, ένας Βραζιλιάνος επιστήμονας δεδομένων και επικεφαλής της επιμέλειας του GISAID, εξέτασε ακόμη και μέρη της βάσης δεδομένων όπου μπορούν να δημοσιευτούν πρόχειρες ακολουθίες πριν από την πλήρη κυκλοφορία, επιβεβαίωσε ότι το USDA δεν έχει δημοσιεύσει νέες ακολουθίες από την ανακοίνωσή του.
«Δεν θα το χάναμε», είπε ο Peter Bogner, ιδρυτής και πρόεδρος του GISAID. «Το H5 είναι ο λόγος για τον οποίο δημιουργήθηκε εξαρχής το GISAID. Ευθυγραμμίζει τις κεραίες.»
Το εξαιρετικά παθογόνο στέλεχος της γρίπης των πτηνών H5N1 έχει αποδεκατίσει πληθυσμούς πτηνών σε όλο τον κόσμο και έχει εξαπλωθεί σε μια αυξανόμενη ποικιλία θηλαστικών τα τελευταία χρόνια, εγείροντας ανησυχίες ότι είναι ένα βήμα πιο κοντά στο να γίνει ένας ιός που μπορεί να εξαπλωθεί αποτελεσματικά στους ανθρώπους.
Όταν το USDA επιβεβαίωσε στις 25 Μαρτίου ότι ο H5N1 είχε εντοπιστεί σε αγελάδες γαλακτοπαραγωγής στο Τέξας και το Κάνσας, τα νέα έθεσαν σε εγρήγορση τους ειδικούς μολυσματικών ασθενειών, πρόθυμοι να λάβουν περισσότερες πληροφορίες για να δουν πώς είχε αλλάξει ο ιός για να επιτεθεί σε έναν νέο ξενιστή. Υπηρεσία Επιθεώρησης Ζώων και Φυτών (APHIS) του USDA., Ο H5N1 έχει πλέον βρεθεί σε 32 κοπάδια σε οκτώ πολιτείες.
Αλλά έχουν περάσει εβδομάδες και λίγα δεδομένα σχετικά με το ξέσπασμα των ΗΠΑ έχουν κοινοποιηθεί στην παγκόσμια επιστημονική κοινότητα.
Στην ανακοίνωσή της που δόθηκε στη δημοσιότητα την Κυριακή, η APHIS είπε ότι είχε μοιραστεί 239 γενετικές αλληλουχίες από το ξέσπασμα του H5N1 «από βοοειδή, γάτες, κοτόπουλα, σκουνκ, ρακούν, κοτσύφια και χήνες».
Ο οργανισμός είπε ότι δημοσιεύει “συνήθη” στο GISAID, αλλά προς όφελος της δημόσιας διαφάνειας και “για να διασφαλιστεί ότι η επιστημονική κοινότητα έχει πρόσβαση σε αυτές τις πληροφορίες όσο το δυνατόν γρηγορότερα…” μετέφερε επίσης γρήγορα αλληλουχίες “σε ένα που διαχειρίζεται το GISAID Η βάση δεδομένων των ΗΠΑ μεταβιβάστηκε». Εθνική Βιβλιοθήκη Ιατρικής.
Η ανακοίνωση πρότεινε σε πολλούς επιστήμονες ότι οι πληροφορίες θα βρεθούν στο GISAID, το οποίο θα ήταν κρίσιμο για την παρακολούθηση της εξέλιξης του ιού που προκαλεί τον Covid-19 καθώς εξαπλώνεται σε όλο τον κόσμο. Πολλές χώρες, συμπεριλαμβανομένων των Ηνωμένων Πολιτειών, χρησιμοποιούν το GISAID για να μοιράζονται γρήγορα γενετικές αλληλουχίες – την ακριβή σειρά τεσσάρων χημικών δομικών στοιχείων που συνθέτουν τα προσχέδια κάθε ιού.
Αντίθετα, το USDA ανέβασε ακατέργαστα δεδομένα αλληλουχίας, που ονομάζονται αρχεία FASTQ, στη βάση δεδομένων της Εθνικής Βιβλιοθήκης Ιατρικής, η οποία είναι διαθέσιμη στο κοινό. Ωστόσο, αυτά τα αρχεία FASTQ δεν διαθέτουν τις κρίσιμες πληροφορίες που χρειάζονται οι επιστήμονες για να παρακολουθήσουν την εξέλιξη του ιού, όπως την ακριβή ημερομηνία λήψης του δείγματος και την κατάσταση από την οποία προήλθε.
Ενώ οι επιστήμονες χρησιμοποιούν ακατέργαστα δεδομένα όταν παρακολουθούν την εξέλιξη ενός ιού, συνήθως τα χρησιμοποιούν σε συνδυασμό με τον τύπο πληροφοριών που συνήθως αποστέλλονται στο GISAID: αλληλουχίες συναίνεσης, που ονομάζονται αρχεία FASTA, που έχουν τελειοποιηθεί και καθαριστεί από σφάλματα μόλυνσης. Οι αλληλουχίες συναίνεσης παρέχουν συνήθως περισσότερες πληροφορίες σχετικά με το πού και πότε ελήφθη το δείγμα, βοηθώντας τους ερευνητές να κατανοήσουν καλύτερα πώς αλλάζει ένας ιός με την πάροδο του χρόνου.
Οι ερευνητές λένε ότι δεν είναι σαφές πότε ελήφθησαν τα δείγματα που αποτελούν τη βάση των ακατέργαστων δεδομένων. Οι μόνες ημερομηνίες δημοσίευσης είναι “2024” και οι τοποθεσίες αναφέρονται μόνο ως “Ηνωμένες Πολιτείες”. Δεν υπάρχουν πληροφορίες για τον τρόπο λήψης των δειγμάτων – εάν προήλθαν από επιχρίσματα αναπνευστικής οδού ή δέρματος ζώου ή αλλού.
Απαντώντας σε ερωτήσεις μέσω email από το CNN, ο Shilo Weir, ειδικός σε δημόσιες υποθέσεις στο USDA, είπε ότι η υπηρεσία δημοσίευσε τα ακατέργαστα δεδομένα στον διακομιστή των ΗΠΑ για λόγους ταχύτητας και ότι η υπηρεσία θα εργαστεί γρήγορα για να το επιμεληθεί. Υποβολή ακολουθιών στο GISAID.
«Το APHIS συνήθως δημοσιεύει δεδομένα επιμελημένης ακολουθίας στην πλατφόρμα GISAID. Ωστόσο, προκειμένου να δημοσιευτούν τα δεδομένα αλληλουχίας όσο το δυνατόν γρηγορότερα, η APHIS ανέβασε αυτά τα μη αναλυμένα αρχεία δεδομένων ακολουθίας στο NCBI», έγραψε ο Weir στην απάντηση email.
«Αυτές οι ακολουθίες δεν επιμελούνται πριν από τη δημοσίευση, αλλά αυτή η προσέγγιση μας δίνει τον ταχύτερο τρόπο να δημοσιεύουμε πληροφορίες ακολουθίας. Η APHIS θα συνεχίσει να εργάζεται όσο το δυνατόν γρηγορότερα για τη δημοσίευση επιμελημένων αρχείων στο GISAID που περιέχουν και αναλύουν σχετικές επιδημιολογικές πληροφορίες μαζί με τα δεδομένα της αλληλουχίας», είπε ο Weir.
Δεν είναι επίσης σαφές εάν η τελευταία δημοσίευση αντιπροσωπεύει όλα τα γονιδιώματα του οργανισμού.
Ο Δρ. Ο Michael Worobey, καθηγητής οικολογίας και εξελικτικής βιολογίας στο Πανεπιστήμιο της Αριζόνα, είπε ότι το USDA έκανε λάθος που δεν μοιράστηκε όλες τις πληροφορίες που είχε το συντομότερο δυνατό.
«Υπάρχει μια ολόκληρη κοινότητα ανθρώπων όπως εγώ και οι συνάδελφοί μου σε όλο τον κόσμο που έχουν μεγάλη εμπειρία με αυτό και μπορούν συχνά να δουν πράγματα ή να κάνουν αναλύσεις που μπορεί να δείξουν κάτι που οι άλλοι έχουν χάσει», είπε ο Worobey.
«Δεν θέλετε ουσιαστικά μια ομάδα να είναι η μόνη που εξετάζει τα δεδομένα. Θέλουν όλοι, όλοι οι ειδικοί σε όλο τον κόσμο να μπορούν να το κάνουν αυτό», πρόσθεσε ο Worobey.
Ο Δρ. Ο Tom Inglesby, ο οποίος διευθύνει το Johns Hopkins Center for Health Security στη Σχολή Δημόσιας Υγείας του Bloomberg, είπε ότι η δημόσια δημοσίευση των ακατέργαστων δεδομένων από το USDA είναι ένα βήμα προς τη σωστή κατεύθυνση, αλλά δεν πάει αρκετά μακριά.
«Οι πρόσθετες πληροφορίες θα ήταν πολύ χρήσιμες για το κοινό και για τους επιστήμονες, τις αρχές δημόσιας υγείας και τους ερευνητικούς οργανισμούς για να κατανοήσουν όλα τα δεδομένα που συλλέχθηκαν μέχρι στιγμής, ποιες φάρμες δοκιμάστηκαν, πότε δοκιμάστηκαν και ποια είναι η στρατηγική δειγματοληψίας», τύπου δοκιμών πραγματοποιούνται αυτή τη στιγμή σε όλη τη χώρα», είπε.
«Τώρα που γνωρίζουμε ότι υπάρχουν ασυμπτωματικές αγελάδες που έχουν βγει θετικές, ποια στρατηγική υπάρχει για να κατανοήσουμε τον βαθμό στον οποίο έχουν μολυνθεί οι ασυμπτωματικές αγελάδες σε άλλα κοπάδια; Γιατί, κατά τη γνώμη μου, ο πιο σημαντικός στόχος εδώ είναι να έχουμε μια πλήρη εικόνα της επιδημίας».
Οι ιοί της γρίπης αλλάζουν γρήγορα και έχουν προκαλέσει μερικές από τις πιο καταστροφικές πανδημίες στην ιστορία.
«Αυτό που βλέπουμε είναι το πρώτο κεφάλαιο του βιβλίου που κάνει ανθρώπους σαν εμένα και πολλούς επιδημιολόγους μολυσματικών ασθενειών να χάνουν τον ύπνο τους», είπε ο Δρ. Michael Mina, επιστημονικός διευθυντής της εταιρείας τηλευγείας eMed και ειδικός στον τομέα της επιδημιολογίας, της ανοσολογίας και της εξάπλωσης μολυσματικών ασθενειών.
Η πανδημία του Covid ήταν κακή, αλλά η Mina είπε ότι μια πανδημία που προκαλείται από αυτόν τον ιό θα μπορούσε να είναι χειρότερη.
«Το τζίνι δεν έχει βγει ακόμα από το μπουκάλι, και αυτό είναι καλό», είπε η Μίνα, αλλά δεδομένων των πιθανών συνεπειών της ανεξέλεγκτης εξάπλωσης του ιού, «είναι λίγο δύσκολο να υπονοήσουμε ότι κάνουμε πάρα πολλά αυτήν τη στιγμή. .»
Οι επιστήμονες παρακολουθούσαν τον H5N1 για περίπου δύο δεκαετίες καθώς σάρωσε πληθυσμούς άγριων και κατοικίδιων πτηνών και, πιο πρόσφατα, θαλάσσιων θηλαστικών όπως τα θαλάσσια λιοντάρια. Ωστόσο, η εξάπλωση από άνθρωπο σε άνθρωπο μετά από επαφή με ζώα ήταν σποραδική και μη βιώσιμη, υποδηλώνοντας ότι ο ιός δεν είχε μεταλλαχθεί αρκετά ώστε να γίνει ένα πλήρως ανθρώπινο παθογόνο. Σύμφωνα με τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ, δεν υπάρχουν ενδείξεις μετάδοσης από άνθρωπο σε άνθρωπο στο τρέχον ξέσπασμα στις ΗΠΑ.
Ωστόσο, οι άνθρωποι έχουν μολυνθεί μετά από επαφή με ζώα – μια τρομακτική υπενθύμιση ότι ο ιός μας έχει ακόμα στο στόχαστρο και απαιτεί στενή παρακολούθηση.
«Είναι τόσο σημαντικό η κυβέρνηση των ΗΠΑ να είναι αυτή τη στιγμή όσο το δυνατόν πιο διαφανής, υπερβολικά διαφανής και να μοιράζεται όλες αυτές τις αλληλουχίες και όλα αυτά τα δεδομένα, ώστε ο κόσμος να μπορεί να το δει και να κάνει τις δικές του εκτιμήσεις κινδύνου και να αρχίσει να κάνει τις δικές του». Εάν είναι απαραίτητο, μπορούμε να τους εμβολιάζουμε στις χώρες τους αντί να περιμένουμε τις Ηνωμένες Πολιτείες να πουν τι είναι καλό και τι κακό», δήλωσε ο Bright, Διευθύνων Σύμβουλος της Bright Global Health στην Ουάσιγκτον.
«Τι θα λέγαμε αν αυτός ο συγκεκριμένος ιός έβγαινε εκτός ελέγχου;» είπε ο Μπράιτ. «Θα κοιτούσαμε πίσω τους τελευταίους δύο ή τρεις μήνες και θα λέγαμε: «Μακάρι να είχαμε κάνει κάτι διαφορετικό; Μακάρι να ήμασταν πιο διαφανείς. Μακάρι να είχαμε μοιραστεί όλες αυτές τις σεκάνς για να προετοιμαστεί ο κόσμος;».
Για περισσότερες ειδήσεις και ενημερωτικά δελτία του CNN, δημιουργήστε έναν λογαριασμό στο CNN.com